سيم الأنبا باخوميوس أسقفًا للبحيرة سنة 1971 مع الأنبا يوأنس، وكانا أول أسقفين يرسمهما البابا شنودة الثالث. عند سيامته، بدأ يجول في الإيبارشية الواسعة بحثًا عن أبناء الكنيسة وخدمتهم.

حوالي سنة 1982، أثناء جولاته في الصوم الكبير، التقى بفلاحين من المنيا يعملون في أرض مهندس مسيحي، فطلب من المهندس أن يقيم قداسًا لهم، وكان ذلك أول قداس في المنطقة. هذه الزيارة قادته لاحقًا لاكتشاف أن المنطقة هي جبل القلالي، أحد مراكز الرهبنة القديمة.

بدأ بزيارة الآثار هناك وجلب طلاب الإكليريكية لدراسة الموقع. بالصدفة، وجد مقالًا في مجلة طيران عن حفريات البعثتين السويسرية والفرنسية في منطقة “كيليا” (جبل القلالي)، ما أكد له أهميتها.

في 1992، بنى كنيسة باسم العذراء والقديس مكاريوس السكندري، وبدأت ملامح الدير تتضح، خاصة مع تأكيد البحوث الأثرية أن الموقع كان مليئًا بمنشوبيات (مساكن رهبان) قديمة تعود لمئات السنين، بها جدران مزخرفة ونصوص قبطية ويونانية.

التاريخ يذكر أن الرهبان غادروا المنطقة بهدوء حاملين أغراضهم، ما يفسر قلة المخطوطات والأيقونات الباقية، لكن بقيت آثار معمارية ونقوش.

الأنبا باخوميوس تحرك سريعًا لحماية المنطقة من الزحف الزراعي والبناء، ما أنقذ مساحة كبيرة وحافظ على التراث، وظل يجول بنفسه على الأقدام في كل أرجاء الإيبارشية. بتواضعه، اعترف بأنه شعر باللوم لأن الأجانب سبقوا المصريين لاكتشاف كنوز هذه المنطقة التي تقع ضمن مسئوليته.